La dirigente è considerata dall’accusa coinvolta nelle manovre intorno alla Variante del Pgt di Gallarate, in cui sarebbero confluiti alcuni episodi legati a tangenti (svelati invece dalle testimonianze di un altro funzionario, Massimo Sandoni).
L’ipotesi a carico di Cundari è quella di abuso d’ufficio. Secondo la stessa Procura non è stata riscontrato alcun beneficio economico diretto, vale a dire nessun guadagno personale dalla vicenda.

La decisione del giudice viene salutata positivamente dal sindaco Andrea Cassani: «La materia urbanistica è materia spesso complessa anche per i tecnici, non essendo io un tecnico ho sempre riposto la mia fiducia nei tecnici, Sandoni e Cundari, affinché mi spiegassero e mi segnalassero le situazioni più delicate». Anzi, Cassani ribadisce la sua fiducia anche oggi: «Non entro nel merito delle indagini in corso ma per quanto mi riguarda non ho mai creduto  che l’architetto Cundari potesse essere parte di quello che la Procura definisce sodalizio criminoso». Cassani in conferenza stampa aveva già precisato di considerare anche Cundari un «baluardo» della legalità.